freee vs やよいの青色申告 オンライン｜どっちで申告？

「今年こそ青色申告で65万円控除を取りたい」と決めた個人事業主が、最初に開くのが会計ソフトの比較記事です。検索結果の上位に必ず並ぶのがfreee会計とやよいの青色申告 オンライン——ただ、料金表を開いても「freeeは月980円、やよいは初年度無料」と表現の物差しがそろっておらず、どちらが安いのか、何が違うのかが一目で読み取れないのが2026年現在のリアルです。

選び方を間違えると、初年度0円につられたつもりが2年目以降に毎年1万円を払い続けたり、簿記の知識を前提にした画面で毎月固まったりと、確定申告シーズン直前に乗り換える羽目になります。

freeeは2012年創業のクラウド会計ソフト先駆者、やよいの青色申告 オンラインは1987年から続く弥生ブランドのクラウド版——同じ「青色申告対応のクラウド会計ソフト」というカテゴリでありながら、操作の考え方・料金体系・スマホ申告の完結度・サポート体制の4点で設計思想が真逆です。本記事では2026年6月時点の最新情報をもとに、機能性・使いやすさ・コスパ・拡張性・安定性の5軸で両者を整理し、freee派とやよい派それぞれの判別軸を提示します。

この記事の結論

• 簿記ゼロで始めるならfreee（推奨仕訳をAIが提示）
• 2年目以降も安く続けるならやよい（セルフ年11,800円）
• スマホだけで申告完結ならfreee（e-Tax送信までアプリ内）
• 電話で操作相談したいならやよい（ベーシック以上で対応）

なお、freeeとマネーフォワード クラウドで迷っている人は freee vs マネフォクラウド｜個人事業主の会計ソフト選び を、他の選択肢も広く見たい人は 個人事業主向け会計ソフトおすすめ｜青色申告を1本で完結 を先に参照してください。本記事は「freeeとやよいの青色申告 オンラインの2択で迷っている人」が30分で決断できる判断材料記事です。

freeeとやよいの青色申告 オンラインの基本的な違い

両者は同じ「クラウド型・青色申告対応の会計ソフト」というカテゴリですが、開発元の歴史・設計思想・料金体系で出発点が大きく異なります。まず全体像を押さえておきます。

freee会計は「会計知識ゼロでも青色申告まで完結できる」を中心に据えた設計です。仕訳という概念を画面の表側から極力隠し、銀行・クレジットカードの自動連携で取得した明細にAIが勘定科目候補を提示する流れで進めます。請求書発行や経費精算もソフト内に統合されており、月980円〜（税抜）のスタータープランから青色申告書類の作成までを1本で完結できます。

やよいの青色申告 オンラインは「弥生会計の操作感をクラウドで再現する」発想です。仕訳日記帳・総勘定元帳・固定資産台帳など、従来型の会計ソフトの画面構成をそのまま踏襲しつつ、銀行・クレカ連携・スマート取引取込でクラウドらしい自動化も装備しています。年11,800円（税込）のセルフプランから青色申告に必要な機能が一式そろい、初年度無料キャンペーンが大きな引きです。

2026年6月の最新動向：やよいの青色申告 オンラインは2025年9月の価格改定を経て、セルフ2年目以降11,800円・ベーシック22,800円・トータル39,600円（いずれも税込）に整理されました。初年度はセルフ/ベーシック無料・トータル半額のキャンペーンを2027年3月15日まで継続中。freee会計も2024年12月の料金改定後、個人事業主向けはスターター・スタンダード・プレミアムの3層構造で運用されています。両社とも30日〜1ヶ月の無料体験あり。

料金プラン早見比較表

両サービスの個人向けプランを並べると、初年度の支払額と2年目以降の年額で物差しがそろわないことが分かります。両社の表記法に合わせ、freeeは税抜、やよいは税込で記載しています。

表の読み方ヒント

• 初年度コストはやよいセルフ／ベーシックが0円：青色申告を試したい層には負担ゼロで始められるのが大きい。ただし2年目以降にセルフ11,800円・ベーシック22,800円が毎年かかる構造なので「永久無料」ではない点に注意
• 2年目以降の最安はやよいセルフ年11,800円：freeeスターター（年11,760円税抜＝約12,936円税込）と税込換算ではほぼ同額。ただしfreeeスターターは消費税申告に非対応なので、課税事業者になった瞬間にスタンダード（年23,760円税抜）へのアップグレードが必要
• freeeの実質的な本線はスタンダード（年23,760円税抜）：消費税申告・詳細レポート・チャットサポートが揃うラインで、月1,980円換算。やよいベーシック（年22,800円税込）とほぼ同水準の料金帯
• 電話サポートが付くのはfreeeプレミアムとやよいベーシック以上：freeeプレミアム年39,800円（税抜）に対し、やよいベーシック年22,800円（税込）が同等サポート帯。サポート重視ならやよいベーシックが価格優位

総合評価：5軸で見る両サービスの立ち位置

機能性・使いやすさ・コスパ・拡張性・安定性の5軸で評価しました。順位は付けず、両者の立ち位置の違いを軸ごとに整理します。

評価の根拠（要点）

• freee会計（総合◎）：AI推奨仕訳・請求書・経費精算・スマホ申告完結まで網羅で機能性◎、簿記知識ゼロでも進める設計で使いやすさ◎、月1,980円〜（税抜）の固定費とプラン構造で本線がスタンダード以上に寄るためコスパ○、freee人事労務・freee販売など同社プロダクトとの連携で拡張性◎、サブスク途絶でも作成済みデータはCSVで持ち出せる点で安定性◎
• やよいの青色申告 オンライン（総合◎）：青色申告に必要な機能はセルフプランから一式そろい機能性○、弥生会計の操作感を継承した画面で使いやすさ◎、セルフ年11,800円（税込）・初年度無料の価格力でコスパ◎、freeeほどの周辺プロダクト連携は少なく拡張性○、1987年から続く弥生ブランドの長期運用実績で安定性◎

「freeeはAI自動化・周辺連携で広く深く、やよいはセルフ年11,800円の価格力と老舗の安心感で土台が固い」というのが2026年現在の対比軸です。次の詳細比較で各機能の差を掘り下げます。

機能・性能の詳細比較

青色申告で発生する代表的な業務工程ごとに、両サービスの対応状況を整理しました。

操作の考え方：自動化型 vs 仕訳入力型

freeeとやよいを分ける核は「画面が何を中心に置いているか」です。freeeは「取引登録」を中心に、銀行明細や請求書からスタートして「これは何の費用？」という質問形式で勘定科目を選ばせ、内部で仕訳に変換していきます。借方・貸方という簿記用語を画面の表側にほぼ出さないのが特徴で、簿記検定の知識がなくても入力を進められます。

一方のやよいは「仕訳日記帳」を画面の中心に置く設計です。スマート取引取込で銀行明細を自動取得する流れはfreeeと同じですが、最終的に確認・修正する画面が仕訳形式で、借方・貸方の概念がそのまま表に出ます。簿記3級程度の知識があれば「この処理はこう仕訳されるべき」という判断が画面上でしやすく、過去の弥生会計ユーザーが移行する場合の親和性も高い設計です。

この違いは経理担当者と税理士のコミュニケーションにも影響します。やよいは仕訳形式の画面そのままで税理士と確認できるため、税理士事務所での導入実績が長く、相談時の会話が成立しやすい構図です。freeeも近年は税理士向けのfreeeアドバイザー制度を拡充していますが、現場では「freeeの画面に慣れていない税理士」に当たることもあり、依頼先によって相性が分かれます。

スマホ申告：完結度の差が選び方を分ける

スマートフォンだけでe-Tax送信まで完結できるのはfreeeのみです。freeeのスマホアプリ「会計freee」では、取引登録・レシート撮影・請求書発行・確定申告書類の作成・電子署名・e-Tax送信までを一連の流れで完結できます。PCを持たずスマホメインで業務を回しているフリーランス（クリエイター・配達員・配信者など）にはこの完結度が選び方を決める要因になります。

やよいの青色申告 オンラインにもスマホアプリはありますが、仕訳入力・取引一覧の閲覧などに機能が限定されています。確定申告書類の作成はPCで行い、電子署名のみスマホで実行するハイブリッド方式が現状の運用です。PCを持っている人にとっては「PCで作成・スマホで署名」の役割分担で十分機能しますが、スマホ単体での完結度はfreeeより一段下がります。

料金とサポートの組み合わせで見える本線

価格表だけを見ると「やよいセルフ年11,800円（税込）が最安」に見えますが、サポート範囲を加味すると見え方が変わります。やよいセルフはWeb FAQのみで電話・チャットサポートは付かないため、操作に詰まったときに自力で調べる必要があります。同社の福利厚生サービス（クラブオフ）は付帯しますが、業務支援としては薄い構成です。

電話サポートを使うならやよいベーシック（年22,800円税込）が現実的なラインで、freeeで電話サポートを求めると年39,800円（税抜・約43,780円税込）のプレミアムまで上がります。「電話で操作相談したい」を要件に入れると、やよいベーシック年22,800円（税込）がfreeeプレミアム税込換算より2万円以上安い構図です。

逆に仕訳・経理業務そのものの相談まで欲しいなら、やよいトータル（年39,600円税込）が選択肢に入ります。freeeにはこの「業務相談付きプラン」が個人向けには用意されておらず、税理士契約に切り替える発想になるため、仕訳判断を年額内で相談できる点はやよいトータルの独自価値です。

どちらを選ぶか30秒診断

3つ以上当てはまった側を本線に据えるのが妥当な判断軸です。両方とも複数該当する場合は「スマホで申告完結したいか／年額の固定費を抑えたいか」のどちらが自分の生活スタイルに近いかで決めてください。

freeeがやよいより向く3シナリオ

シナリオ1：簿記未経験のフリーランス1年目

会社員から独立したばかりで青色申告は初めて、簿記の勉強もしていない——というケースはfreeeの方が大幅に進みやすい設計です。銀行口座とクレジットカードを連携すれば、明細が自動で取り込まれ、AI推奨仕訳を画面上の選択肢から選ぶだけで進みます。借方・貸方の概念を覚える前に1年分の帳簿が完成し、確定申告書類まで自動生成されます。

やよいは仕訳画面が表に出るため、簿記3級程度の知識がない状態で始めると「この勘定科目で合っているのか」を判断する負荷がfreeeより高くなります。1年目で慣れたあと2年目から自分で勉強する余裕が出てから乗り換える、という選択肢もあります。

シナリオ2：スマホメインで業務を回しているクリエイター・配達員・配信者

PCを持たずスマホで業務を完結させているクリエイター（YouTuber・配信者・Uber Eats配達員・フードデリバリーなど）には、スマホ1台で確定申告書類の作成からe-Tax送信まで完結できるfreeeの完結度が選択を後押しします。レシートはアプリのカメラで撮影、銀行明細はアプリ内で確認、申告書作成と電子署名・送信もアプリ内で完了します。

やよいの青色申告 オンラインのスマホアプリは入力・閲覧用で、申告書作成はPCで行うハイブリッド構成です。スマホ単体での完結が要件に入る人にとっては、freeeの一本化された動線が時間と手間を節約します。

シナリオ3：請求書発行・経費精算まで1本で回したい人

freee会計には請求書発行・見積書作成・経費精算の機能が標準搭載されており、取引登録から請求書発行・入金消込・経費精算までを1本のソフト内で完結できます。複数の取引先に毎月請求書を発行している人や、業務委託で経費精算を自分で管理する必要がある人には、別ソフトとの連携設定が要らない統合が効きます。

やよいの青色申告 オンラインは仕訳・確定申告に機能を絞っており、請求書発行は「Misoca」（同じ弥生グループの別サービス）との連携で対応する設計です。連携はスムーズですが、ソフト自体は別立てで管理が分かれるため、1本のソフトで完結したいニーズにはfreeeの方が合います。

やよいがfreeeより向く3シナリオ

シナリオ1：初年度0円で青色申告を試したい人

「初めての青色申告だから、まず1年使ってみて続けるか決めたい」という人には、やよいセルフ／ベーシックの初年度無料キャンペーンが大きな後押しです。2027年3月15日までの申し込みで、セルフプラン（2年目以降11,800円税込）またはベーシックプラン（2年目以降22,800円税込）が初年度無料で使えます。

freeeにも30日間の無料体験はありますが、青色申告を1年通して試すなら申告期間中に有料化されます。初年度のキャッシュアウトを0円に抑えたい人にとって、やよいの「1年無料で試せる」設計は他にない選択肢です。

シナリオ2：電話サポートで操作相談しながら進めたい人

簿記の知識はあっても「ソフトの操作で詰まったら電話で聞きたい」という人には、やよいベーシック（年22,800円税込）の電話サポートが現実的な選択肢です。電話・メール・チャットで操作に関する質問ができ、確定申告シーズンの混雑期にも対応窓口が用意されています。

freeeで電話サポートを使うには年39,800円（税抜・約43,780円税込）のプレミアムプランが必要で、やよいベーシックより税込換算で2万円以上高い構成になります。サポート範囲を要件に入れると、やよいベーシックがコスパで優位に立ちます。

シナリオ3：弥生会計や税理士の操作感に合わせたい人

過去に弥生会計（デスクトップ版）を使っていた経験がある人、または税理士に確定申告を相談する予定の人には、仕訳形式の画面構成を踏襲したやよいの方が会話が成立しやすい構図です。弥生は税理士事務所での導入歴が長く、同じ画面を見ながらの相談がスムーズに進みます。

freeeも近年は税理士向けのアドバイザー制度を拡充していますが、依頼予定の税理士が「freeeに不慣れ」なケースも残っており、相談時の意思疎通に追加の負荷がかかる場面があります。税理士と一緒に確認する想定がある人はやよいを本線に据える方が安全です。

乗り換え・併用を始める前に確認しておくこと

freeeからやよい、またはやよいからfreeeへの乗り換えや併用を検討する前に、データ移行と契約まわりで詰まりやすい3点を確認しておきます。

1. データ移行は仕訳CSV経由が現実解

freeeとやよいの間で直接データを引き継ぐ機能は提供されていません。仕訳データをCSV形式で出力し、移行先で取込形式に合わせて再投入するのが現実的な手順です。やよいの青色申告 オンラインには「freeeからのデータ移行手順」のサポートページがあり、CSV取込で過去の仕訳を再構築する方法が案内されています。

ただし、勘定科目体系・税区分・補助科目の構造が両社で完全には一致しないため、移行後に勘定科目の対応関係を手動で再設定する作業が発生します。年度途中の乗り換えは混乱を招きやすいため、できれば年度の節目（1月1日）で切り替えるのが安全です。

2. 契約期間とプラン変更のタイミング

freeeの年間プランは1年契約で、途中解約しても返金はありません。同様にやよいのプランも年単位での課金が基本です。乗り換えを決めたら、現在の契約満了日を確認してから新規契約を開始してください。両方を並行契約すると、その期間は二重支払いになります。

freeeはプラン変更（スターター↔スタンダード↔プレミアム）が契約期間中でも可能ですが、月払いと年払いの切り替えはタイミングに制約があります。やよいも同様にプラン変更は可能ですが、初年度無料キャンペーンは1事業者1回限りのため、一度使うとプラン変更時の再適用はありません。

3. 電子帳簿保存法対応の準備

両社とも電子帳簿保存法（電帳法）に対応していますが、スキャナ保存・電子取引データ保存の運用は事業者側で設計する必要があります。freeeは取引登録の流れでファイル添付を促す動線が組み込まれており、やよいはスマート証憑管理（別サービス・無料枠あり）との連携で対応します。

どちらを選んでも、国税庁の電帳法ガイドラインに沿った保存ルールを自分で確立する作業は避けられません。乗り換え時に過去分の証憑データをどう扱うかも合わせて決めておくと、後の整理が楽になります。

よくある質問

Q. 青色申告65万円控除は両方とも取れる？

A. はい、両方とも青色申告特別控除の65万円控除に対応しています。複式簿記での記帳・電子帳簿保存またはe-Taxでの申告が控除65万円の要件で、freee・やよいともこの要件を満たす機能を備えています。e-Tax送信もfreeeはアプリ完結、やよいはPC作成＋スマホ署名のハイブリッド方式で対応しています。

Q. 消費税の課税事業者になっても両方とも申告できる？

A. freeeはスタンダード以上（年23,760円税抜〜）、やよいは全プランで消費税申告に対応しています。インボイス制度の課税事業者になる場合、freeeスターター（年11,760円税抜）では消費税申告ができないため、スタンダードへのアップグレードが必要です。やよいはセルフ（年11,800円税込）から消費税申告に対応しているため、課税事業者の最安ラインとしてはやよいセルフが現実解になります。

Q. 簿記の知識がまったくなくても使える？

A. freeeは簿記知識ゼロを前提に設計されており、銀行明細から「これは何の費用？」という質問形式で勘定科目を選んでいけます。やよいも初心者向けに簡単取引入力モードがありますが、仕訳画面が表に出る場面が多く、簿記3級程度の知識があると入力が速くなります。完全に未経験ならfreeeの方が立ち上がりは滑らかです。

Q. 法人化したらそのまま使い続けられる？

A. 両社とも法人プランへの移行経路を用意しています。freeeは「freee会計 法人プラン」へ、やよいは「弥生会計 Next」または「弥生会計 デスクトップ」へ移行できます。データの引き継ぎはfreeeの方がスムーズですが、やよいも仕訳データのCSV出力で移行可能です。法人化を視野に入れているなら、移行先のラインナップも確認しておくと安心です。

Q. 弥生のデスクトップ版「やよいの青色申告 26」とクラウド版はどう違う？

A. クラウド版（やよいの青色申告 オンライン）は年額サブスク・自動アップデート・銀行連携が標準、デスクトップ版（やよいの青色申告 26）は買い切り（初年度無料サポート付き）・PC内ローカル保存・年次バージョンアップが必要、という違いです。クラウドで複数端末から使いたいならオンライン版、ネット環境を気にせずローカルで完結したいならデスクトップ版が向きます。本記事はクラウド版「やよいの青色申告 オンライン」を対象にしています。

Q. 確定申告期限直前の乗り換えは無理がある？

A. 1〜2月の確定申告期間直前の乗り換えは現実的にはおすすめできません。新ソフトへの仕訳CSV再投入、勘定科目の対応関係再設定、操作習得に最低でも2〜3週間は必要で、期限ギリギリで詰まると申告そのものが間に合わなくなります。乗り換えを決めたら、できれば年度の節目（1月1日）または会計期間の途中ではない時期に切り替えるのが安全です。

まとめ：青色申告ソフトは「簿記知識」と「スマホ完結度」の2軸で決まる

freeeとやよいの青色申告 オンラインは、どちらも青色申告65万円控除に対応した一線級のクラウド会計ソフトです。料金だけ見ると「初年度0円のやよいセルフが安い」と見えますが、選び方の本質は『簿記の知識をどこまで持っているか』と『スマホで申告まで完結したいか』の2軸で決まります。

簿記未経験でAIに任せたい人、スマホ1台で業務を回している人、請求書・経費精算まで1本で完結したい人はfreeeが本線です。月1,980円〜（税抜）のスタンダードプランが消費税申告も含めた現実的なライン、簿記の壁に詰まらず1年目から確定申告まで自走できます。

簿記3級程度の知識があって2年目以降の固定費を抑えたい人、電話サポートで操作相談しながら進めたい人、税理士と仕訳画面を共有したい人はやよいの青色申告 オンラインが向きます。セルフ年11,800円（税込）の価格力と初年度無料キャンペーン、ベーシック以上の電話サポートが選び分けの軸になります。

両方とも30日〜1年の無料体験があるので、まずは本線候補を1つ決めて1ヶ月触ってから判断するのが詰まらない進め方です。確定申告シーズン直前の乗り換えは時間が足りなくなるため、年度の節目で切り替える前提でスケジュールを組んでください。

会計ソフト全体を見渡してから決めたい場合は 個人事業主向け会計ソフトおすすめ｜青色申告を1本で完結 を、freeeとマネーフォワード クラウドの比較も気になる場合は freee vs マネフォクラウド｜個人事業主の会計ソフト選び も合わせて参照してください。